El crecimiento espectacular de la producción y el comercio de productos químicos durante los tres últimos decenios ha despertado preocupación ante los posibles riesgos planteados por los productos químicos y plaguicidas peligrosos. Los países que carecen de una infraestructura adecuada para vigilar la importación y utilización de estos productos químicos están en una situación especialmente vulnerable.
En respuesta a estas preocupaciones, el PNUMA y la FAO elaboraron y promovieron a mediados del decenio de 1980 programas voluntarios de intercambio de información.La FAO puso en marcha en 1985 el Código Internacional de Conducta para la Distribución y Utilización de Plaguicidas y el PNUMA estableció en 1987 las Directrices de Londres para el intercambio de información acerca de los productos químicos objeto de comercio internacional.En 1989, ambas organizaciones incorporaron conjuntamente el Procedimiento de Consentimiento Fundamentado Previo (CFP) en estos dos instrumentos, los cuales contribuyeron conjuntamente a garantizar que los gobiernos dispusieran de la información necesaria sobre los productos químicos peligrosos, a fin de poder evaluar sus riesgos y adoptar decisiones fundamentadas sobre su futura importación.
Los funcionarios que asistieron a la Conferencia de las Naciones Unidas sobre el Medio Ambiente y el Desarrollo (Cumbre para la Tierra), celebrada en 1992 en Río de Janeiro, Brasil, comprendiendo la necesidad de implantar controles obligatorios, aprobaron el capítulo 19 del Programa 21, en el que se pedía un instrumento jurídicamente vinculante sobre el procedimiento voluntario de consentimiento fundamentado previo para el año 2000. En consecuencia, el Consejo de la FAO (en 1994) y el Consejo de Administración del PNUMA (en 1995) encomendaron a sus directores ejecutivos a iniciar negociaciones.
Las conversaciones comenzaron en marzo de 1996 y concluyeron en marzo de 1998, tras siete reuniones del Comité Intergubernamental de Negociación (CIN) y dos años antes del plazo fijado por la Cumbre para la Tierra de Rio.
Como testimonio claro de la urgencia atribuida a la cuestión del comercio internacional de productos químicos peligrosos, entre la adopción del Convenio y su entrada en vigor, los gobiernos se pusieron de acuerdo en que el Convenio funcionara a título voluntario como Procedimiento de Consentimiento Fundamentado Previo Provisional.
El texto del Convenio de Rotterdam sobre el Procedimiento de Consentimiento Fundamentado Previo Aplicable a Ciertos Plaguicidas y Productos Químicos Peligrosos Objeto de Comercio Internacional, fue aprobado y abierto a la firma en la Conferencia de Plenipotenciarios celebrada en Rotterdam el 10 de septiembre de 1998.
Durante el período provisional, más de 170 países designaron a unas 265 autoridades nacionales designadas (AND) para que actuaran en su nombre en el desempeño de las funciones administrativas requeridas por el Convenio.
El Convenio entró en vigor el 24 de febrero de 2004 y se convirtió en un instrumento jurídicamente vinculante para las Partes.