La Conferencia de las Partes (COP) quedó establecida en virtud del artículo 18 del Convenio de Rotterdam como órgano rector del Convenio, y está constituida por los gobiernos de los países que lo han aceptado, ratificado o que se han adherido a él. El avance en la aplicación del Convenio se logra gracias a las decisiones que la Conferencia de las Partes adopta en sus reuniones.
La Conferencia de las Partes analiza y evalúa la aplicación del Convenio, y examina los productos químicos que se someten a la consideración del Comité de Examen de Productos Químicos. Asimismo revisa y aprueba el programa de trabajo y el presupuesto del Convenio para cada bienio.
En su primera reunión, la Conferencia de las Partes estableció un órgano subsidiario, el Comité de Examen de Productos Químicos.
La Conferencia de las Partes se reúne normalmente cada dos años y se rige por el reglamento y por el reglamento financiero. Además, la Secretaría ha elaborado dos directrices sobre las normas de conducta en las reuniones.